O Bluetooth e o Wi-Fi têm aplicações diferentes, abaixo entenda como funciona cada um.
A missão de ambos, Bluetooth e Wi-Fi, é acabar com a conexão por fios. Entretanto, eles são voltados a aplicações diferentes — o primeiro é mais indicado para troca de arquivos em curtas distâncias e sem a necessidade de alta velocidade; Já o segundo, é voltado a distâncias maiores e prima pela velocidade.
O Bluetooth é um protocolo que permite a troca de informações via rede de rádio, sem fio, de curto alcance e que necessitem de pouca largura de banda. Tem velocidade de 1 Mbps e um alcance médio que varia entre um e 100 metros. A tecnologia foi criada a partir de uma parceria entre gigantes como Ericsson, IBM, Intel, Nokia e Toshiba. É mais utilizada para conectar periféricos, fones de ouvido e celulares.
O Wi-Fi, por sua vez, é um padrão para transferência de dados de alta velocidade, com capacidade para suportar redes inteiras de tráfego de dados. As taxas de transferência costumam variar muito, mas as mais recorrentes estão posicionadas entre 11 Mbps e 54 Mbps (definidos em padrões como IEEE 802.11 a, b ou g). O objetivo do Wi-Fi é permitir a criação de redes sem fio (LANs). O alcance de uma rede Wi-Fi também é maior do que a do Bluetooth, trafegando entre 100 metros e 300 metros.

Em resumo, o Wi-Fi foi projetado para redes na sua essência! Já o Bluetooth foi projetado para substituir o infra-vermelho, e todos os fios que interligam dois dispositivos ao pc!